El programa de investigación en el DPE se organiza en nueve áreas académicas:
- Análisis y Gestión Socio-Económica de las Organizaciones
- Desigualdad y Transformación Social
- Economía Agraria, Desarrollo Rural y Campesinado
- Estrategia y Gestión de las Organizaciones
- Economía Industrial e Innovación
- Macroeconomía Dinámica y Cambio Estructural
- Modelación y educación matemática en las ciencias sociales
- Política Económica y Desarrollo
- Sistema Económico Mundial
En cada una de las nueve áreas académicas se desarrolla de manera permanente actividades académicas orientadas a la discusión y fortalecimiento de la investigación básica y/o aplicada que desarrollan cada uno de los integrantes del área.